Pour ma part, je passe par word pour faire mes boites (j'ai jamais bien su utiliser un logiciel de retouche photo).
Les boites snes sont automatiquement redimensionnées à la bonne taille (en fait le dos est à la bonne taille et il faut réduire l'image de la face à la même taille, ce qui est assez facile visuellement en utilisant la transparence des images et en désactivant l'alignement sur la grille). Il faut juste bien positionner les deux images l'une par rapport à l'autre (et aussi rogner un peu le cadre de la face sinon ça laisse une partie blanche). Ensuite le groupe les deux images et j'imprime.
Pour la N64, idem sauf qu'à la fin, je redimensionne mon ensemble groupé que je réduis de 90 %.
Par contre, pour les cartouches SNES us, effectivement, elles sont un peu plus longues que les EUR. Je n'ai pas testé, mais à mon avis, tu peux augmenter légèrement la taille de tes 2 images groupées et ça passera (genre 105%)
Je vais tâcher de faire mon propre tuto pour que ce soit plus clair...